Ông sáng tác nhiều ca khúc về đạo Công giáo lẫn cuộc sống với bút hiệu là Thạch Ngọc. Trong lĩnh vực âm nhạc, linh mục Phêrô Maria Nguyễn Ngọc Phi đã sáng tác trên 500 bài, chủ yếu là nhạc về đạo.[1] Một số tác phẩm của ông viết về đạo Công giáo được nhiều người biết đến:

Linh mục Nguyễn Ngọc Phi còn sáng tác nhiều bài hát về quê hương và con người Việt Nam. Ông là ủy viên thuộc Hội Nhạc sĩ Hà Nội. Lĩnh vực này ông sáng tác khoảng 30 bài, trong đó có các bài cùng một chủ đề về chủ nghĩa anh hùng, yêu quê hương đất nước như một số bài:

• Hai Bà Trưng
• Quang Trung- Nguyễn Huệ
• Ngợi ca Anh hùng Trần Văn Phương (Trung úy, Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân Trần Văn Phương là liệt sĩ tử trận trong sự kiện Hải chiến Trường Sa 1988. Trần Văn Phương là một giáo dân Công giáo, là người anh con dì ruột của linh mục Phi).[4]
• Trường Sa- Việt Nam, Bài về biển đảo Việt Nam[1].